Chania menggunakan satu terminal tunggal yang lebih kecil dan terlihat modern, yang sangat mudah dinavigasi. Jarak ke pesawat tidak terlalu jauh, namun Anda akan melihat keramaian yang lebih besar di musim panas di area yang relatif kecil.
Check-in untuk penerbangan masuk dan keluar dari area Schengen dilakukan di lobi umum. Check-in dilakukan setelah pos pemeriksaan keamanan umum, dengan beberapa gerbang setelah pemeriksaan paspor, sementara yang lain tidak.
Aula keberangkatan dan kedatangan berada di lantai dasar.
Bandara tutup antara kedatangan terakhir dan pertama, biasanya jam buka dari pukul 04.00 hingga 00.00.
