Bandara Manohar memiliki 1 terminal modern yang digunakan untuk semua penerbangan. Aula kedatangan dan konter check-in terletak di lantai dasar.
Pemeriksaan keamanan dan gerbang keberangkatan berada di lantai 1.
Terminal ini terbagi menjadi bagian domestik dan internasional, namun semuanya berdekatan dan jarak berjalan kaki sangat dekat.
Pemeriksaan imigrasi pada saat kedatangan
Meskipun Bandara Goa Manohar hanya memiliki sedikit penerbangan internasional, namun sering terjadi antrian panjang di pemeriksaan imigrasi pada saat kedatangan, yang dapat berlangsung selama lebih dari 60 menit.
Transfer antar penerbangan
Bandara Manohar bukan merupakan pusat transfer sehingga tidak memiliki fasilitas transfer langsung.
Ketika melakukan transfer, Anda harus keluar dari area transit, berjalan melalui area publik menuju ruang keberangkatan, naik eskalator ke lantai satu dan melewati pemeriksaan keamanan.
Total waktu transfer dari penerbangan domestik memakan waktu sekitar 30-40 menit, sedangkan dari penerbangan internasional dapat memakan waktu lebih dari 90 menit karena antrian yang lambat di imigrasi.
