Secara resmi dinamai Nikos Kazantzakis, bandara ini merupakan yang terbesar di Kreta. Pada musim panas, bandara ini digunakan oleh banyak penerbangan charter, sedangkan di musim lainnya, bandara ini terutama digunakan oleh penerbangan dari Athena dan kota-kota Yunani lainnya.

Bandara Heraklion sekilas terlihat cukup kuno dan kenyamanannya tidak sesuai dengan operasi saat ini.

Pada tahun 2017, keputusan akhir dibuat untuk membangun bandara baru yang modern, yang tanggal penyelesaiannya terus diundur dan saat ini diperkirakan akan dibuka pada akhir tahun 2026/awal tahun 2027.

Sebagai alternatif, bandara Chania dapat digunakan untuk perjalanan ke Kreta bagian barat.

Dari bulan April hingga Oktober, bandara ini menjadi tuan rumah bagi banyak maskapai penerbangan dari seluruh Eropa, dengan penerbangan terjadwal dan charter menuju ke seluruh penjuru benua.

Jaringan rute yang paling luas dari Heraklion dioperasikan oleh maskapai penerbangan berikut ini:

• Aegean Airlines: layanan sepanjang tahun beberapa kali setiap hari ke Athena + penerbangan langsung musiman musim panas ke seluruh Eropa
• Sky Express: layanan sepanjang tahun ke Athena, Thessaloniki, dan pulau-pulau Yunani lainnya + penerbangan langsung musim panas ke seluruh Eropa
• Jet2.com: layanan paling sering ke banyak kota di Inggris
• Eurowings: penerbangan ke banyak kota di Jerman
• Volotea: penerbangan langsung ke Athena, Italia, dan Prancis
• TUI: koneksi yang luas ke Inggris, Belanda, Belgia, dan Jerman
• easyJet: penerbangan ke beberapa kota di Inggris, Prancis, dan Swiss
• Wizz Air: penerbangan terjadwal ke Eropa Timur
• Ryanair: jumlah penerbangan yang relatif terbatas dibandingkan dengan yang lain, misalnya ke Bergamo, Wina, Berlin atau Brussels