Bandara Skopje menggunakan satu terminal yang sama untuk semua penerbangan. Bangunannya sangat kecil namun dirancang dengan baik. Setelah pemeriksaan keamanan, Anda mungkin akan mengalami kekurangan kursi pada saat ada beberapa pesawat yang berangkat sekaligus.
Orientasi di bandara ini sangat mudah dan jarak antar terminal sangat dekat.
Pemeriksaan paspor pada saat kedatangan cukup efisien dan waktu tunggu cenderung berkisar antara 10-20 menit.
Transfer antar penerbangan
Skopje bukanlah bandara transfer yang umum. Sebagian besar transfer tidak dijamin, yaitu para pelancong membuat transfer mereka sendiri dari dua tiket independen.
Meskipun Anda tidak memiliki bagasi terdaftar, Anda harus selalu melalui pemeriksaan paspor pada saat kedatangan, berjalan keluar dan melalui pemeriksaan paspor dan keamanan lagi untuk kembali ke area transit.
Biasanya seluruh prosedur ini memakan waktu 20 hingga 40 menit.